1. استعلام ظرفیت پذیرش اساتید از مدیر گروه یا معاون آموزشی گروه
    
2. انتخاب استاد راهنما توسط دانشجو و انتخاب موضوع پایان نامه تحت نظارت استاد راهنما
    
3. تکمیل فرم پروپوزال (که در سایت آموزش دانشکده قرار دارد) و دریافت امضا اساتید راهنما و مشاور
    
4. تحویل پروپوزال تکمیل شده به دفتر گروه بیوتکنولوژی پزشکی جهت بررسی در جلسه گروه
    
5. بررسی پروپوزال در شورای گروه

5.1 تصویب پروپوزال و تعیین اساتید داور توسط گروه آموزشی
5.2 تصویب به شرط اصلاح و تعیین اساتید داور (انجام اصلاحات و تایید اصلاحات توسط استاد راهنما)
5.3 رد پروپوزال (برگشت به مرحله 1 فرایند)

6. استعلام نتیجه جلسه شورای گروه از دفتر گروه و هماهنگی با استاد راهنما جهت تاریخ دفاع پروپوزال و هماهنگی با دانشکده جهت رزرو مکان جلسه
    
7. مراجعه دانشجو به اساتید راهنما، مشاور و داور جهت ارائه متن کامل پروپوزال پرینت شده و امضا فرم تحویل پروپوزال (که در سایت آموزش دانشکده قرار دارد)
    
8. تحویل فرم امضا شده تحویل پروپوزال به دفتر گروه
    
9. ارسال نامه دفاع از پروپوزال به معاونت آموزشی دانشکده
    
10. دریافت دعوتنامه‌ها از معاونت آموزشی دانشکده توسط دانشجو
     
11. ارسال دعوت نامه ها به اساتید داور، راهنما و مشاور
     
12. اطلاع رسانی عمومی جلسه
     
13. هماهنگی با واحد خدمات جهت پذیرائی
     
14. برگزاری جلسه دفاع از پروپوزال

14.1 در صورت تایید بدون نیاز به اصلاحات، ادامه فرایند از مرحله 15
14.2 تایید با اصلاحات: انجام اصلاحات و تایید توسط نماینده آموزش و تحویل به گروه
14.3 در صورت رد پروپوزال (برگشت به مرحله 1 فرایند)

15. ارائه نامه مدیر گروه برای معاون آموزشی دانشکده به انضمام یک نسخه پروپوزال مصوب (همراه با برگه صورتجلسه دفاع از پروپوزال)
     
16. طرح و بررسی پروپوزال در جلسه آموزشی دانشکده و در صورت تصویب، ثبت آن در دفتر پایان نامه ها

16.1 در صورت تایید بدون نیاز به اصلاحات، ادامه فرایند از مرحله 17
16.2 تایید با اصلاحات: انجام اصلاحات و تحویل به گروه
16.3 در صورت رد پروپوزال (برگشت به مرحله 1 فرایند)

17. مکاتبه آموزش با اساتید راهنما و مشاور جهت اطلاع آنان از ثبت پروپوزال
     
18. عقد قرارداد مالی بین استاد راهنمای اول دانشجو و معاون اداری مالی دانشکده

نکته مهم: حداکثر تعداد اساتید راهنما و مشاور برای پایان نامه های دکتری 5 نفر می‌باشد و در برخی موارد ممکن است استثنائاً 6 نفر نیز تصویب شود.

تذکر1: اعضای ضروری حاضر در جلسه دفاع از پروپوزال دکتری عبارتند از: استاد راهنمای اول، حداقل یک نفر از سایر اساتید راهنما و مشاور، استاد ناظر آموزش و حداقل 3 نفر از داوران (شامل حداقل یک نفر از اساتید خارج از دانشگاه)

تذکر2: پروپوزال های با موضوع کاربردی، قابلیت طرح بصورت طرح فناورانه را خواهند داشت.

تذکر3: پروپوزال هایی که در راستای تخصص استاد راهنمای اول باشند، شانس بیشتری برای تایید شدن در مراحل مختلف را دارند.

گروه بیوتکنولوژی پزشکی
دانشکده فناوری های نوین پزشکی