از سالهاي پيش ورود به عرصه هاي نو علم فناوري در دانشگاه علوم پزشكي تهران مورد توجه مسئولين و مديران و اعضا ي هيئت علمي بود. لذا در حدود 6 سال پيش هسته اوليه اقدام عملي در خصوص راه اندازي دانشكده فناوري هاي نوين پزشكي در معاونت آموزشي دانشگاه با كمك اعضائ هيئت علمي دانشكده هاي مختلف خصوصا دانشكده پزشكي شكل گرفت و پس از مطالعات وسيع و جلسات منظم از صاحبنظران اقدام به اخذ موافقت اصولي اين دانشكده انجام شد. باتوجه به اهداف تاسیس دانشکده، ابتدا نیروهای متخصص در دانشگاه که از توان علمی لازم جهت راه اندازی رشته های مورد نظر شامل نانو فناوری پزشکی، زیست فناوری پزشکی، پزشکی مولکولی، علوم اعصاب، مهندسی بافت و سلول درمانی و بیوانفورماتیک برخوردار بودند شناسائی شدند و گروههای آموزشی مورد نیاز تشکیل گردید. از سال 1383 در هسته هاي اوليه گروههاي ‌آموزشي فوق برنامه هاي درسي رشته هاي مربوط در مقاطع كارشناسي ارشد و دكتري تخصصي(PhD) تدوين و پس از اخذ مصوبه از وزارت متبوع، در خصوص پذيرش دانشجو اقدام گرديد. در بهمن سال 1385 اولين دوره دانشجوي كارشناسي ارشد رشته نانوفناوري در گروه نانو فناوري پزشكي مشغول به تحصيل گرديد. بدنبال آن در سال 1386 مجوز پذیرش اولین دورهPhD نانوفناوری پزشکی نیز صادر شد. در سال 1387 مجوز اولین دوره های رشته پزشکی مولکولی و زیست فناوری پزشکی نیز اعطا و با در نظر گرفتن 3 رشته مصوب، همزمان درخواست مجوز تاسیس دانشکده به دانشگاه ارائه گردید و در مدتی کوتاه پس از آن مجوز اولین دورهPhD علوم اعصاب اخذ شد، در اواخر سال نیز مجوز اولین دورهPhD مهندسی بافت اعطا شد. سر انجام آن که با تلاش وسخت کوشی بسیار بنای دانشکده فناوری های نوین پزشکی با طراحی وچیدمان جدید در فروردین ماه 1388 با حضور ریاست محترم دانشگاه ومسئولین گرامی رسما گشایش یافت.